Namun, di balik kemegahannya, sejumlah kekurangan masih ditemukan. Beberapa jamaah mengeluhkan kualitas sound system yang dinilai tidak merata dan tidak jernih, sehingga khutbah sulit terdengar dengan jelas. Kondisi serupa terjadi di sejumlah ruangan yang belum terpasang pengeras suara.
Selain itu, penataan area parkir juga menjadi sorotan. Kepadatan kendaraan terjadi saat jamaah bubar, sehingga menyebabkan kemacetan di sekitar masjid.
“Kalau perlu, ruas jalan provinsi cumi-cumi yang tembus ke Jalan Nasional Yos Sudarso dibuka sementara pada tanggal 4 Desember 2025 nanti,” ujar beberapa jamaah yang terjebak macet usai sholat.
Masjid Raya Baitulkhairaat rencananya akan berada di bawah pengelolaan Biro Kesra Pemerintah Provinsi Sulawesi Tengah. Masyarakat berharap seluruh kekurangan dapat dibenahi sebelum peresmian agar masjid ini benar-benar menjadi pusat peradaban Islam bagi seluruh umat.
